Akcjonariuszami Krajowego Depozytu Papierów Wartościowych S.A. są w równych częściach: Skarb Państwa, Giełda Papierów Wartościowych w Warszawie S.A. i Narodowy Bank Polski.
Skarb Państwa, posiadając 1/3 udziałów kapitałowych w Krajowym Depozycie Papierów Wartościowych S.A. oraz 51,76% głosów na Walnym Zgromadzeniu Akcjonariuszy Giełdy Papierów Wartościowych w Warszawie S.A., sprawuje nad Krajowym Depozytem Papierów Wartościowych S.A. kontrolę w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 21 rozporządzenia CSDR.
Kapitał zakładowy Krajowego Depozytu Papierów Wartościowych S.A. wynosi 21 milionów zł (dwadzieścia jeden milionów złotych) i jest podzielony na 21 000 akcji o wartości nominalnej 1 000 zł (jeden tysiąc złotych) każda. Akcje Spółki są wyłącznie imienne. Akcje KDPW S.A. mogą nabywać wyłącznie spółki prowadzące giełdę papierów wartościowych, domy maklerskie, spółki prowadzące rynek pozagiełdowy, Skarb Państwa, Narodowy Bank Polski oraz banki. Przeniesienie własności akcji KDPW S.A. wymaga pisemnego zezwolenia Rady Depozytu.