Krajowy Depozyt uczestniczy w szczególności w procesie łączenia i dzielenia się spółek poprzez obsługę zamiany papierów wartościowych i rejestracji emisji połączeniowej/podziałowej.
Obsługa odbywa się na wniosek emitenta oraz po dostarczeniu wymaganych regulacjami dokumentów, stwierdzających formalne i prawne połączenie/podział spółki.
Realizacja operacji polega na przydzieleniu określonej liczby papierów nowej emisji posiadaczom papierów wartościowych spółki łączonej lub dzielonej. Parytet zamiany jest określany przez emitenta. Przydział i rejestracja emisji połączeniowej/podziałowej na kontach ewidencyjnych w Krajowym Depozycie odbywa się na podstawie zbiorczych informacji otrzymanych od uczestników bezpośrednich, którzy dokonują odpowiednich wyliczeń dla poszczególnych posiadaczy papierów wartościowych, dla których prowadzą rachunki papierów wartościowych lub rachunki zbiorcze. Podstawą do dokonania tych obliczeń są stany kont ewidencyjnych na koniec, określonego przez emitenta, dnia referencyjnego.
Wymiana informacji pomiędzy emitentem a Krajowym Depozytem a także pomiędzy Krajowym Depozytem a uczestnikami bezpośrednimi odbywa się z wykorzystaniem dokumentów w formie tradycyjnej.