Organizację systemu rekompensat tworzą:
- administrator systemu, którym jest Krajowy Depozyt Papierów Wartościowych,
- uczestnicy systemu rekompensat - instytucje inwestycyjne zobowiązane do uczestnictwa w systemie rekompensat i wnoszenia do systemu obowiązkowych wpłat tworzących środki systemu,
- środki systemu, pochodzące z wpłat uczestników, stanowiące współwłasność łączną uczestników i niepodlegające egzekucji prowadzonej z majątku uczestnika systemu,
- zarządzający firmą inwestycyjną lub masą upadłościową, masą sanacyjną, zobowiązany do ustalenia stanu wierzytelności inwestora na dzień zaistnienia jednego ze zdarzeń dających podstawę do wypłaty rekompensaty i sporządzenia listy uprawnionych, syndyk, zarządca sądowy lub inna osoba prowadząca zarząd instytucji inwestycyjnej,
- organ nadzorczy, którym jest Komisja Nadzoru Finansowego.